首次申请申根签证的申请人要前往领事馆或外部签证服务处提交申请。生物识别数据和申根签证申请表格中提交的数据将被记录于签证信息系统的数据库中，并保留5年。在此期间内的后续申请中，多次前往申根地区的旅客无需重复指纹录入步骤，指纹可直接从签证信息系统中的过往申请文件复制。
签证信息系统将包含所有申根签证申请信息，及任一申根国领事馆针对签证申请所作出的决定信息。这将简化签证申请流程，加强欧盟外部边界检查，提升安全等级。生物识别技术的使用将保护签证申请人，更好地打击身份盗用、防止身份造假，而身份盗用与造假在某些情况下会导致有权进入申根区的人士遭到拒签或被拒入境。
同时，这将使得对过往签证信息及申请人旅行记录的合法使用变得更加容易(如申请人申请多次入境签证时)。 12岁以下儿童和身体条件不允许指纹录入的人可免于录入指纹。国家首脑、国家政府成员及其配偶，以及官方访问团的成员在因公旅行时免于录入指纹。
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