1、肺炎:多为继发性肺部感染。痉咳可减轻,患儿出现高热、气促、紫绀及肺部罗音。其他还可出现肺不张、肺气肿和支气管扩张等。原有肺结核患者再患本病可促使结核病变活动。2、脑炎:小婴儿多见。呕吐、意识障碍、惊厥等、脑脊液多无变化。百日咳脑病是本病最严重的并发症。发病率约2~3%。严重痉咳引起脑缺氧、水肿、血管痉挛或出血。表现为惊厥或反复抽搐、高热、昏迷。恢复后可留有偏瘫等神经系统后遗症。3、结核病恶化:肺结核恶化引起播散、而发生全身栗粒结核或结核性脑膜炎。4、频咳舌系带溃疡;腹腔内压力增高,发生脐疝、腹股沟疝、直肠脱垂等。