肛瘘手术后遗症常见以下几种：
1、肛门失禁：这是不该出现的，若出现说明手术失败了，需要进行修复手术。在临床上，肛瘘手术后出现肛门完全性失禁的情况很罕见；一般见到的是肛门不完全性失禁和肛门感觉性失禁，对此只能是保守治疗和加强肛门功能煅练。
2、肛门潮湿或漏少量稀粪：由于手术瘢痕过大使肛门关闭不严所致，患者往往属瘢痕体质者。随着时间的推移，瘢痕可以逐渐软化，该后遗症可以消失。只是这个时间有长有短，因人而异，如糖尿病患者的这个时间就会长一些。
3、肛管直肠狭窄：因瘘管复杂，大面积瘢痕挛缩所致。如何理需视具体情况而定。
推荐治疗肛瘘的方法：美国HCPT消融术
美国HCPT消融技术是在高频电容场下，组织内带电离子和偶子在两极间高速震荡产热，当电离子耗竭至间液干结时，仪器自动停止工作，不产生炭化立即脱落，所以具有可控性好，局限性好，定向性好，产热快等特点，对各种肛肠疾病具有治疗时间短，治疗结束自动报警、不碳化、不结痂、无异味、血管闭合好、不出血、安全可靠、不感染、无后遗症和并发症等优点。是目前世界上肛肠治疗的前沿技术。
HCPT技术利用先进的纤维直肠镜电脑深入肛管和瘘管内部，能在电脑上清晰的显示肛管直肠部位和肛瘘内部的病变范围和深度。在可视电脑监控系统的引导下，HCPT技术能准确的清除炎症病变组织，精确度高，不损伤正常肛门括约肌和正常粘膜，手术只需20分钟，术后24小时内患者就能正常排便，术后也无疼痛，更不会发生任何并发症如肛门狭窄或大便失禁等。术后患者无需住院，也不影响正常的工作和生活。通过对致病因素的有效控制和局部病变的彻底清除，HCPT技术实现了杜绝肛瘘患者复发的目的，目前成为此类疾病首选的治疗方式。
