患有肛瘘的患者最先表现出来的症状就是肛周流脓，而瘘管的长短不一所以流出脓液的多少也不相同。新生瘘管流脓较多，分泌物刺激皮肤而瘙痒不适，当外口阻塞或假性愈合，瘘管内脓液积存，局部肿胀疼痛，甚至发热，以后封闭的瘘口破溃，症状方始消失。肛瘘外口流出少量脓性、血性、粘液性分泌物为主要症状。较大的高位肛瘘，因瘘管位于括约肌外，不受括约肌控制，常有粪便及气体排出。由于分泌物的刺激，使肛门部潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管中有脓肿形成时，可感到明显疼痛，同时可伴有发热、寒颤、乏力等全身感染症状，脓肿穿破或切开引流后.症状缓解。
另外，肛瘘患者还会出现疼痛感以及肿胀、灼热感、以及瘙痒等症状。瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。瘙痒由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
除了以上两点症状之外，肛瘘还会出现排便不畅、以及发热、贫血等全身症状。排便不畅复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。全身症状在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。
肛瘘的治疗，肛瘘中医学称为“痔瘘”，属虚实夹杂，本虚标实之证。运用清热解毒，活血化瘀，消肿止痛的“透脓平瘘散”能起到很好的作用。
