生殖器上长水疱是由以下几种原因引起的:第一、疱疹病毒感染,常见病毒感染类型为单纯疱疹病毒,在生殖器上会长小水疱,而且水疱壁较薄,容易发生破溃,在自然破溃后会出现局部糜烂,因此造成生殖器官有明显疼痛,需要进行疱疹病毒检测确诊后对症治疗。第二、机体局部受到过度摩擦或刺激,导致皮肤上出现张力性水疱,水疱体积相对大,水疱壁薄,在停止刺激后水疱逐渐会自然消失,但容易导致皮肤发红。第三、机体生殖器官受到细菌或真菌感染,导致炎症水疱的生成,可伴有龟头红肿以及有分泌物流出,及时就医并进行相关病原学检测,在医生指导下对症治疗。