动物被圈闭的部分，主要是骨骼和牙齿，必须经历一些形式的矿化才能变成 化石。骨骼由无机矿物和有机分子（尤其是蛋白质和脂肪）组成。大多数的有 机部分最终被细菌消耗掉。所剩下的是一些脆性的具有很多微孔的骨骼。水渗 透过上面的土壤溶解了矿物盐，其中的一些渗透到骨骼的多孔地方。
这些矿物 通常是碳酸钙（石灰石）、硅或氧化物。随着时间的过去，这些部分进而逐渐成 为一种岩石。 骨骼矿化的实际速度和类型取决于包围着埋藏骨骼的沉积物的类型与化学 特性。下面列出了一些矿化的方式： 重结晶--在这个矿化过程中，骨骼和其他坚硬的生物质转变成一种新 的矿物，或是转变成原生矿物的较粗的晶体。
例如，骨骼中的一种天然 矿物称作磷灰石（磷酸钙），可以重结晶。 完全矿化--许多具有多孔的内部结构的骨骼、外壳和植物茎被矿物填 满的过程。在完全矿化的过程中，原来的生物质的实际化学成分可能并 不改变。但是当诸如方解石（碳酸钙）的矿物填满骨骼结构中的空间时， 骨骼自身会石化。
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