蚯蚓为雌雄同体动物，但大多数为异体交配受精，比单性动物的生殖系统复杂。生殖器官限于身体前部的少数几个体节，包括雄性和雌性器官以及附属器官、受精囊、生殖环带和其他腺体结构。生殖细胞来自体腔隔膜上的上皮细胞，如环毛蚓具有两对精巢囊，分别位于第10体节、第11体节内，每对精巢囊的后方各有一对由体腔隔膜形成的贮精囊，位于第11体节、第12体节内，并与精巢囊有小孔相通。
雌性生殖器官由卵巢、卵囊、卵巢腔、雌性生殖管和受精囊构成。卵巢产生卵，其后开口于卵漏斗的背壁，其狭窄的后部形成输卵管，开口于体腹面，一般生殖带由厚的腺体表皮组成，特别是背部和侧部由三层腺体细胞（黏液腺、卵茧分泌腺和白蛋白腺）组成，能分泌一种黏稠物质，可形成黏液管和蚓茧。
雄性生殖器官由精巢、精巢囊、贮精囊、雄性生殖管、前列腺、副性腺和交配器构成。蚯蚓的精巢一般为一对，有的品种有两对，贮精囊内发育着精细胞，并充满了营养液。精巢囊和贮精囊相连处为发育着的精细胞的贮存囊，精子或漏斗囊都进人体节的后壁，精漏斗有很多褶。
开口于雄性生殖管或输人管，即体外雄孔，前列腺与输精管后端相连，受精囊成对。
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