台湾省为一四面环海之岛屿，决定了海洋运输在台湾运输与经济发展中的重要地位。台湾进出口货物的９９％需赖海运来完成，海运成为维系台湾经济的生命线。
海洋运输是台湾水运最重要的部分。台湾水运包括了远洋、近海、沿海及内河航舶客货运输。然而，近年来，由于两岸不能直航，台湾的船舶登记逐渐转向海外。
  2002年，在台湾登记的２００吨以上的“国轮”船舶为241艘，总吨位计430万吨，载重量为682万吨；各公司的货运量计10109万吨，运行里程计31282万海里，均较90年代初有大幅下降。
台湾内陆与沿海水上运输是省内交通网络的一环，承担一定数量的货运与客运，一般为定期航线。
  主要航线有基隆至台中、基隆至高雄、基隆至马公、基隆至花莲、台中至安平、安平至高雄、高雄至马公、高雄至东港、高雄至台东、花莲至台东以及绿岛、兰屿之间等。台湾与大陆之间的航线自１９４９年以后因两岸政治上的对立而中断，长期以来主要通过香港与日本等地转运。
  １９９７年４月起，大陆厦门与福州两港口与台湾高雄港的“境外航运中心”实现了“试点直航”，成为海峡两岸航运史上的一个重要历程碑。
远洋运输则是台湾海运业的主流。其航线分为定其与不定期两种航线。
主要定期航线：
１、美国航线：１９５６年开始，由台湾基隆、高雄等港口到美国的纽约、波士顿、洛杉矶、旧金山、西雅图与加拿大的温哥华等港口，航行船舶２４艘，每月平均船行２０航次。
  此一航线航行的台籍轮（“国轮”）与外轮数量不稳定，近年有下降趋势。１９９８年，该航线进出港外轮为１５６２航次，台籍轮船３４５航次，两者合计为１９０７航次。
２、欧洲航线：１９６７年通航，从台湾基隆、高雄港口至西欧的汉堡、伦敦、鹿特丹等港口。
  航行船只１８艘，每月平均航行１１－１２航次。１９９８年，该航线台籍轮船进出港为２７６航次，外国轮船为１４３６航次，两者合计为１７１２个航次。
３、环球航线：由高雄港或基隆港出发，经太平洋至美洲，跨越大西洋至欧洲，再过印度洋返回台湾，航行船只２５艘，每月平均航行８－１０航次。
  
４、中东航线：１９７１年开航，由高雄等港到波斯湾航线的迪拜、科威特等港，红海航线的吉达、阿卡巴等港以及地中海航线的塞得、亚历山大等港，航行船只计１７艘，每月平均航行６－７次。此航线航线轮船量近年发展较快，１９９８年该航线进出港台籍轮船为４１９航次，进出港外轮为７９４航次，两者合计为１２１３航次。
  
５、香港航线：１９５９年开航，包括基隆、台中、高雄等港口至香港的３条航线，航行船只１７艘，每月平均航行８３次，是海上运输最繁忙的一条航线。１９９８年，该航线台籍轮船进出港为１４２１航次，外轮为８５７０航次，两者合计达９９９１航次。
６、东南亚航线。
  １９５９年开航，由台湾主要港口至马尼拉、新加坡、曼谷、吉隆坡、雅加达与泗水等港。航行轮船计２０艘，每月平均航行计１８－２１航次。１９９８年，该航线台籍轮船进出港为１６１７航次，外轮为３８８５航次，两者合计为５５０２个航次。
７、东北亚航线：包括日本航线、菲律宾航线、韩国航线与琉球航线。
  其中台日航线１９５０年开始，从台湾主要港口到日本大阪、神户、东京、横滨等港；台韩航线从台湾港口出发到韩国的釜山、金浦等港。1998年，日本航线台籍轮进出港为１６６２航次，外轮为８７４９航次，合计为１０４１１航次；韩国航线台籍轮进出港为３０５航次，外轮为４２８８航次，全计为４５９３航次；菲律宾航线台籍轮进出港为２６４航次，外轮为１０３１航次，合计为１２９５航次；琉球航线台籍轮进出港为２６个航次，外轮为１１４９航次，合计为１１７５航次。
  总计东北亚航线台籍与外轮轮船总航行达１７４７４航次
除了定期航线外，远洋运输还有不定期航线。其经营方式主要有三种。一是装运台湾进出口的整船货物，是不定期远洋运输的主要业务；二是承接运输国际上的大宗货物；三是长期出租轮船运输。其营运范围以台湾为基地者，除了各定期航线同时兼有不定期船只航行外，航行地区主要有：（１）日本地区；（２）东南亚地区；（３）美国、加拿大地区；（４）印尼、马来西亚及菲律宾地区；（５）澳洲地区；（６）中东地区；（７）南非地区；（８）其他地区。
  
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