今后社会资本举办的非营利性和营利性医疗机构，将与公立医疗机构享有同样的税收优惠政策。中央财政则于近期下拨5．5亿元补助资金，用于鼓励和引导社会资本办医。
国务院办公厅11月26日印发的《关于进一步鼓励和引导社会资本举办医疗机构的意见》明确，“社会资本举办的非营利性医疗机构按国家规定享受税收优惠政策，营利性医疗机构提供的医疗服务实行自主定价，免征营业税”。
除了营业税的免征优惠，财政部社会保障司相关负责人表示，对社会资本举办的非营利性医疗机构，对其自产自用的制剂免征增值税，对其自用的房产、土地、车船免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。社会资本举办的营利性医疗机构同样享受这些优惠，但免征时间为3年。
“过去，即便是能够享受营业税减免的民营医院，3年免税期一过，还是要按照服务业缴5.5%的营业税和25%的企业所得税，有些医院为此只经营3年就关门了，严重影响了民营医院的声誉。”北京市政协委员、北京慈铭健康体检管理集团总裁韩小红表示，税收优惠政策有利于民营医院长期发展，以慈铭为例，仅减免营业税一项每年就可以为医院节省几千万元，占企业纳税总额的1/3。
不过，有业内人士指出，虽然国家对民营医院有免征营业税的政策，但部分地区没有执行，给一些民营医院的发展带来困难，“只有已出台的政策落实到位，民营医院才能健康发展”
