活体染色是指一个获得动物或植物的细胞活组织被染色。至于体外活体染色是指也获得动物或植物分离出来的一部分细胞活一部分组织被一种活体染色剂染色而不影响细胞活组织的生命。活体染色与体外活体染色的主要区别：活体染色是在有机体内部，因此不在空气中而是在还原的环境中进行的，至于体外活体染色是在空气中，在氧化的环境中进行的。
所以一种真正的活体染色剂就是在一种生物的活细胞的某种构造上面的染料，但对于细胞、对于组织和对于生命本身不发生任何有害的作用。
原理：一般的生物材料不能穿透细胞膜，只有当细胞被固定后，细胞膜被破坏，染料才能进入细胞内部。但是，有一些染料（称“活体染料”）却能进入活细胞，它们是一些无毒或毒性很小的染色剂，能使细胞中某些特定结构着色。
活体染料基本上不影响或很少影响细胞的生命活动。
活体染料多为碱性染料，如中性红、健那绿、次甲基蓝、甲苯胺蓝、亮焦油紫等，它们解离后带正电，其中有的染料与胞内某些结构有专一性接合。例如，中性红染液泡系，健那绿染线粒体。
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