据说是身体不好，自己辞职了，可似乎另有原因：
2006年9月20日，安倍晋三以四百六十四票的高票当选新一届自民党总裁，外务相麻生太郎以一百三十六票居次席，财务相谷垣祯一就得到一百零二票。9月26日在众议院首相指名选举中获得过半数选票，当选第90任日本新首相。
  当天下午，安倍晋三组建了新一届内阁，麻生太郎继续留任外相。 
2006年9月26日召集的临时国会上被正式指名就职首相，他是第一位战后出生及日本战后以来最年轻的首相。 
2006年10月8日首次外访，而他一改以往首相的态度，首站访问中国，而非美国；另外，也为中日关系作一个新做起点。
  
2007年9月12日下午2时（北京时间12日下午1时）许在首相官邸会见记者，正式宣布辞职，日本时事社报道说，日本首相安倍晋三12日以“健康原因”为由向自民党国会对策委员长大岛理森转达了辞职意向。自民党干部证实了有关消息。
安倍选择下台，既在意料之中，也在意料之外。
  自月前自民党在参议院选举中惨败以后，安倍去职就被朝野看作是势在必为的选择。但直到9月12日之前，安倍所有公开表示及政策运筹，均立足于继续执政。不久前，安倍刚刚改组了自民党高层人事和内阁，以图重振政权。10日，安倍还刚刚在临时国会上发表施政演说，原订于12、13两日众议院全体会议代表将就此向安倍质询。
  这一日程已被取消。 
此前，在悉尼参加APEC非正式首脑会议时，安倍于9月9日会见记者，再次把海上自卫队基于《反恐特别措施法》在印度洋上继续进行供油活动定位为对国际社会的“公开承诺”，表示如果无法继续供油活动，他将承担政治责任，安倍内阁全体辞职。
  他还表示将尽早与民主党代表小泽一郎就此举行党首会谈。
不过，小泽一再表示坚持反对继续进行供油活动，亦反对延长将于11月1日到期的《反恐特别措施法》。日本临时国会原订从12日起针对首相安倍晋三的施政纲领进行提问。日本海上自卫队能否继续在印度洋实施燃料补给活动，已成本届临时国会的最大焦点，但在野党将就“政治与金钱”、养老金记录缺失问题等严肃追究首相的政治姿态。
  由于在参议院中朝野势力发生逆转，本届国会被称为“较劲国会”。
安倍在记者会上表示，未能实现与民主党代表小泽一郎就海上自卫队印度洋供油活动进行磋商，这是他下决心辞职的理由，称“我本身已成为继续供油活动的阻碍”。安倍在记者会前还对执政党干部表示，辞职的理由是因为“自己没有凝聚力”。
   
安倍表示，“在目前状况下，难以在国民支持和信赖的基础上推行政策”，表示将对参议院选举惨败、朝野势力逆转的结果负责。 
两周之前，安倍刚刚改组内阁及自民党高层人事，但随即新任内阁大臣即再爆丑闻。新任农林水产大臣远藤武彦曾担任理事长的农业互助协会冒领政府补贴的丑闻被曝光，远藤因而引咎辞职。
  后又曝出一系列政治资金处理不透明的问题，涉及人物包括环境大臣鸭下一郎等。安倍内阁面对空前压力。
安倍将辞职的消息传出后，12日下午的东京股市一度大幅上涨，下午开盘后大幅上扬。下午1点的日经指数较昨日上涨了132。54点，报16010。21点。
  之后因获利回吐的抛盘打压一度下挫，呈现剧烈震荡。市场分析人士认为，“由于安倍辞职使得市场对政局免于陷入长期混乱感到信心大增，于是出现短时上扬”。
日本经济团体联合会会长御手洗富士夫当天发表谈话，称“对于安倍首相突然宣布辞职感到震惊。日本目前面临的重要政策课题堆积如山，不容许出现政治真空。
  希望政府与执政党团结一致，尽快确立新的领导体制”。 
同日下午，日本民主党代表小泽一郎表示，安倍晋三首相的辞职“不会改变我们的想法”，民主党将继续反对海上自卫队在印度洋的供油活动。
日本官房长官与谢野馨亦举行记者会，称安倍是基于健康原因才决定辞职。
  与谢野表示，“虽然不能透露详细的病因，但首相曾因健康和工作难以两全而深感苦恼”。与谢野还透露，安倍在8月下旬历访亚洲诸国后“健康状态非常严重”。就安倍在记者会中并未提及健康问题一事，与谢野表示，“我认为这是出于（安倍）不想用健康问题作借口”。
  
   
安倍宣布辞职后，日本自民党将于14日发表新任总裁选举告示，19日举行投票计票。由于自民党现为日本国会众议院第一大党，其总裁是下任日本首相的当然人选。现在自民党重量级政治人物中，现任自民党干事长麻生太郎被认为较有希望胜出。他亦在上月表示有意继安倍之后竞争此职。