一、公司注销要进行清算审计的。清算的主要内容有： 
1、清算费用； 
2、应支付的职工工资、劳动保险费； 
3、应缴纳的税款； 
4、清偿公司债务。 
5、分配剩馀财产。 
二、注销存货处理
企业注销登记时都或多或少有存货〔原材料、包装物、低值易耗品、半成品、产成品、商品、分期收款发出商品等〕留存。
  对注销登记企业的存货如何进行税收处理,目前主要有三种观点：一是作进项税额转出，调整应纳税额；二是视同销售，就整个存货留抵税额补税；三是分别情况作出处理。对于这三种方法的运用主要看企业注销的原因
（一）一般纳税人在企业注销时的存货处理方法
 一般纳税人企业申请注销税务登记时，如果企业销项税金大于进项税金，并且按注销企业的有关政策规定交纳增值税后，企业还有存货余额的，其存货余额部分应按存货的适用税率计算补交已抵扣的税款，因为存货在当初购进时其进项税金已作了抵扣，减少了当期应交税金，既然现存货已经退出了企业的经营活动，所以要对先期已抵扣的进项税进行调整。
  
企业依法注销同时取消增值税一般纳税人资格，说明企业将不再存续，此时清算应注意，企业对所有的资产包括存货是如何处理的，如果分配给股东或投资者，则应视同销售；如果无偿赠送他人，则应视同销售；如果已没有使用价值而废弃或盘亏，应作非正常损失，作进项税额转出，补缴税金。
  
（二）小规模纳税人在企业注销时的存货处理方法
 由于小规模纳税人企业在政策上的特殊性，因此小规模纳税人企业购进货物无论是否取得增值税专用发票，其支付的增值税额均不得进入进项税额，不得由销项税额抵扣，而应计入购货成本。因此，经核实其存货属正常范围的（即平时税负正常，存货帐实相符,无虚假），不应作进项税转出或计提销项税等征税处理。
  小规模纳税人企业注销时，其存货不作纳税调整。
（三）企业注销后再销售存货的处理方法
一般纳税人企业和小规模纳税人企业注销税务登记后，企业已不能再进行经营活动了，如果企业存货没有处理完毕，过一段时间后还有存货需要销售时，应持购货单位的结算证明和双方的购销协议，到税务机关开立普通发票，并按税收政策规定按征收率交纳税款。
  
三、根据你单位的情况，注销时的帐务处理工作，应该由会计师事务所进行清算审计并作相关的帐务调整的。