目前水雷反制舰艇的作业方式分为「扫雷」与「猎雷」两种，
「扫雷」是最早出现的水雷反制方式，作业时不需要确实探测水域中是否确实有水雷或者是水雷的精确位置，扫雷舰艇仅需航行于需要清扫与确保的水域，并在船身后方拖曳各式除雷用具，包括除雷索或音响/磁性扫雷具等，将遇到的水雷予以摧毁。
  
其中，除雷索上每隔一定距离便安装一具扫雷刀，如果遇上系留雷的雷索或雷链就能将其切断，使水雷浮至水面上，再由火炮将其摧毁；而音响/磁性扫雷具则是用来对付磁性或声噪感应水雷，除雷具模拟船只通过时产生的磁讯号或声噪，以诱骗水雷上当。
扫雷舰艇在固定海域/航道上进行过扫雷作业后，理论上就能开出一条安全的航道，但也可能是此处原本根本没有水雷，或者水雷的引信没有与扫雷具产生作用，再者也有可能是未达作用条件的定时或定次(计算船只通过次数)水雷；因此虽然航道经过扫雷次数的作业越多，安全性就越高，但仍不能100%保证此处的水雷已经被消灭殆尽。
  
「猎雷」则是一种较新出现的水雷清除方式，与扫雷的最大区别就是具有侦测水雷的能力，以各种手段发现水雷，标定其精确位置并完成识别，接着以潜水人员或遥控载具在水雷附近放置炸药，逐个将其引爆。因此，猎雷作业是否成功，与水雷的引爆方式或定时/定次条件无关，只要被猎雷舰侦测到的水雷都可被猎杀；而依靠扫雷作业清理航道就可能被水雷的种类所影响，即便经过多次清扫也不能保证有漏网的定时/定次水雷。
  
猎雷舰艇都拥有精密的导航定位系统、鉴别度高的侦雷声纳等装备；此外，猎雷艇的另一大技术特征就是配备精良的遥控猎雷载具，其上装有高精确度的声纳、水下探照灯与电视摄影机等侦测装备，以搜获水雷并完成识别作业，此外还能携带灭雷炸药，将其投放在水雷附近，接着以遥控方式引爆炸药将水雷摧毁。
  新一代水雷往往使用智能化、定时、定次以及调整灵敏度等技术，这些虽会扫雷作业构成障碍，但并不会影响猎雷作业的成败，只要被找到就等着被摧毁。
此外，猎雷舰通常以遥控载具进行远距离除雷，舰艇本身可在距离水雷数百公尺外将其引爆，安全性较高；而传统扫雷舰则需要亲自拖着扫雷载具在雷区航行，无论是误触或在近距离引爆水雷，波及自身的机率都大得多。
  由于猎雷舰艇具有种种精确海底地貌侦测与定位设备，因此也能支持搜寻沈物、海底探勘、敷设海底电缆等工作。然而猎雷最大的缺点就是只能针对每一枚水雷进行个别的处理与爆破，故其除雷作业速度比扫雷慢；此外，猎雷舰艇作业时只能以极缓慢的速度(通常为7节左右)前进，以便让声纳等侦搜设备发挥最大作用；再者，以目前的猎雷侦搜科技，也很难有效对付埋藏于海底泥沙底下或经过伪装掩蔽的水雷，而扫雷作业至少有可能符合其引爆条件而将之摧毁。
  
由于扫、猎雷各有特长与不足，现代化水雷反制舰艇往往都结合猎雷与扫雷的特性，例如现代化「扫雷舰艇」均配备最初属于猎雷舰艇的水雷侦搜声纳(但无猎雷遥控载具)，而也有不少所谓的「猎雷舰艇」携带扫雷索或磁性/音响除雷具。 例如美国复仇者级水雷反制舰根本没有刻意去归类为扫雷或猎雷舰艇，因为此级舰兼具猎雷与扫雷的能力。
   
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