局部抗菌药物：氯己定含漱液、金霉素药膏。
其他局部抗炎制剂：色甘酸钠(sodium cromoglycate)止咳糖浆、前列腺素E2胶、局部粒细胞一巨噬细胞刺激因子、阿司匹林含漱液、双氯酚酸(diclofenac)、胃溃宁(sucraifate
全身用药：泼尼松龙(prednisolone)、咪哇硫嘌呤(azathioprine)、左旋咪唑(levamisole)、秋水仙素(colchicine)、贝通(pentoxifylline)、氨苯砜(dapsone)、甲氰咪胍(cimetidine)、转移因子等。 关于“全身治疗”：反复发作或溃疡症状严重者应全身用药。可使用皮质类固醇泼尼松龙，或与咪唑硫嘌呤一同用药，但要注意其副作用。亦可用抗肿瘤坏死因子α的药物：贝通，0.4g，3次/d，副作用有胃肠不适。秋水仙素能减缓疼痛，缩短发作频率。其机制可能是可降低嗜中性细胞的趋化功能。副作用有胃肠道不适、腹泻，长期使用可引起男性不育。有报道称左旋咪唑与中药合用可减少溃疡数目，减少复发，延长间隙期。 关于“中医药治疗”：用于阴虚火旺、虚火上炎所致的口疮灼热以及复发性口腔溃疡见以上症状者，有滋阴降火的作用。毒副作用较小。重症患者第一次加倍服用，通常服用时口含几分钟吞下，疗效更好。辨证施治可根据四诊八纲进行。脾胃伏火型宜清热泻火、凉血通便，方用凉隔散、清胃散、玉女煎等。心火上炎型宜清心降火、凉血利尿，方用导赤散、泻心汤、小蓟子饮等加减。肝郁蕴热型宜清肝泻火、理气凉血，方用龙胆泻肝汤、小柴胡汤等。阴虚火旺型宜滋阴清热，方用六味地黄汤、杞菊地黄汤、甘露饮等。脾虚湿困型宜健脾化湿，方用健脾胜湿汤、五荃散、平胃散等。气血两虚型宜气血双补，方用补中益气汤、参苓白术散等。
