科索沃战争是由科索沃危机引发的，而科索沃危机则根源于南斯拉夫社会主义联邦共和国的解体。
作为东欧剧变的组成部分，1945年成立的南斯拉夫联邦于1991年迅速解体。1991年6月25日，斯洛文尼亚和克罗地亚率先宣布脱离联邦而独立；1991年10月15日和11月20日，波斯尼亚和黑塞哥维那和马其顿亦先后宣告独立；1992年4月27日，塞尔维亚和黑山两个共和国宣布联合组成“南斯拉夫联盟共和国”。
这样，原南斯拉夫联邦分裂为5个独立国家。
在南联邦解体过程中，由于领土、财产和利益分割上的矛盾以及原本存在的民族纠纷和宗教冲突，各共和国间和各国内的不同民族间先后发生规模不等的战争，其中最严重的内战发生在波黑境内，并涉及其周边的塞尔维亚和克罗地亚。
1992年3月，因国家的独立地位进行全民公决而触发的波黑穆斯林、克罗地亚族和塞尔维亚族之间的冲突在外部势力的支持下（波黑塞族得到南联盟塞尔维亚共和国支持，克族得到克罗地亚共和国支持，穆斯林得到各伊斯兰国家支持）愈演愈烈，最终形成长达三年半以上的全面内战，死亡人数超过25万。
直至1995年11月21日，打得精疲力竭的各方才在美国的干预下于美国俄亥俄州的代顿空军基地签署了和平协议。代顿协议并没有平息南联邦解体带来的动荡，波黑战争结束后，民族冲突的热点很快转移到南联盟境内，科索沃危机成为世人关注的中心。
可以看做是波黑战争的延续 都是民族问题。
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