Nipah病毒的自然宿主十分广泛[3]。猪、狗和人类均可受到感染,而其他动物如:猫、马、山羊、鼠等,只有接触到感染体后才会受感染。在野生的果蝙蝠体内可检测到Nipah病毒中和抗体。有研究认为,猪可能经由与果蝙蝠、野猪、流浪狗和鼠类等野生动物的接触而感染Nipah病毒。也有学者认为,Nipah病毒在猪群间的传播可能与掠鸟类,如掠鸟、八哥等有关。这些鸟通常会在猪场觅食,且常常停留在猪的身上,啄食其背部上的蜱,并可在不同的猪群间或养猪场间活动。猪感染病毒后,病毒可在猪体内大量繁殖,而且病毒血症时间较长,容易通过蚊子等虫媒的叮咬而传播。病毒可直接经病畜呼吸道和尿液、粪便排出体外,从而感染与之接触的易感猪。人类主要通过伤口与猪的分泌液、排泄物和体液(包括唾液、鼻腔分泌液、血液、尿液和粪便)以及呼出气体等的直接接触而感染。人类之间传播Nipah病毒的可能性不大。