目前解决医疗纠纷的主要法律依据是《民法通则》与2002年国务院颁布的《医疗事故处理条例》(以下简称《条例》)。然而，这两个重要的司法依据在医疗纠纷的处理上标准不同。根据《条例》，经鉴定为医疗事故的，医疗机构应当予以赔偿，经鉴定为非医疗事故的，不予赔偿(第四十九条第二款)。
而根据《民法通则》规定的过错责任原则，对于非医疗事故但存在医疗过错的情况，医院仍应予以赔偿。换言之，关于赔偿定性，法院采用不同的依据就可能导致截然不同的结果。此外，《条例》规定的赔偿标准较之其他法律、法规和司法解释规定的赔偿标准相对偏低。目前构成“医疗事故”的，适用《条例》，赔偿金额较低;不构成“医疗事故”的，适用《民法通则》赔偿数额反而较高，而且《条例》并未规定因医疗事故造成患者死亡的赔偿金项目。
医疗侵权赔偿实行双轨制的消极后果十分明显：患者的人身权利遭受医疗过错行为同等损害却享受不同等的赔偿待遇，构成医疗事故应当是侵犯患者人身权利案件中后果最严重的情形，但按照《条例》获得的赔偿却不是最高的，这种失衡会动摇公众对法律的信心。 现行的《医疗事故处理条例》是在《医疗事故处理办法》基础上修订的，在实施过程中还有许多不完善的地方，仍留有行业保护的痕迹，探究《条例》的制定者，那些专家大部分来自医学界，其能否站在公平、公正的立场来最大限度的保护患者的权益，实在令人质疑。
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