通常根据感染发生的部位、病原体的来源和种类等对院内感染进行分类。1、根据感染发生的部位全身各个器官、各个部位都可能发生院内感染。2、根据病原体的来源分类可将院内感染分为内源性和外源性感染。1、内源性感染：又称自身感染，是指各种原因引起的患者在医院内遭受自身固有病原体侵袭而发生的院内感染。病原体通常为寄居在患者体内的正常菌群，通常是不致病的，但当个体的免疫功能受损、健康状况不佳或抵抗力下降时则会成为条件致病菌发生感染。2、外源性感染：又称交叉感染，是指各种原因引起的患者在医院内遭受非自身固有的病原体侵袭而发生的感染。病原体来自患者身体以外的个体、环境等。包括从个体到个体的直接传播和通过物品、环境而引起的间接感染。3、根据病原体的种类进行分类可将院内感染分为细菌感染、病毒感染、真菌感染、支原体感染、衣原体感染及原虫感染等，其中细菌感染最常见。每一类感染有可根据病原体的具体名称分类，如柯萨奇病毒感染、爱柯病毒感染、铜绿假单孢菌感染、金黄色葡萄球菌感染等。
