第一,性质不同.最高人民法院是审判机关,司法部是行政机关.第二,"辈份"不同,最高人民法院与最高人民检察院及国务院,三都称之为一府两院,共同向全国人大常委会负责,而司法部只是国务院组成部门之一.如果说二者有关系的话,就是经法院判刑的人要到司法部门管辖的监狱服刑.全国各级监狱归口司法部门管理.
很简单，司法部是行政机关直属与国务院，最高人民法院是司法机关直属与全国人大。
一个是最高审判机关，一个是隶属于国务院的行政机关，非要说有关系的话应属协作关系。
二者没有关系。司法部隶属国务院，其人员的产生由国务院决定。最高法院向全国人民代表大会及其常务委员会负责并报告工作，全国人民代表大会及其常务委员会决定其人员的任免。
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