虽然税务会计与财务会计相互联系、相互影响，但是，税务会计毕竟是区别于财务会计的一门特殊专业会计，所以它与财务会计又有着一定的差异。 第一，二者的目标不同。财务会计是按照会计准则核算企业的财务成果，并为企业利益相关人（包括银行、债务人、潜在投资者）提供真实相关的信息，便于他们投资决策。全部
而税务会计则是按照税法来核算企业的收入、成本、利润和所得税的会计核算系统，其目的是保证国家税收的充分实现，调节经济和公平税负，为国家税务部门和经营管理者提供有用信息。 第二，二者核算的对象不同。财务会计核算的对象是企业以货币计量的全部经济事项，包括资金的投入、循环、周转、退出等过程，而税务会计核算和监督的对象只是与计税有关的经济事项。
第三，二者核算的依据不同。财务会计核算的依据是企业会计制度和会计准则，而税务会计核算的依据是国家税法。财务会计强调遵循会计准则，依照会计制度处理各项经济业务，会计人员基于自身的理解和情况的特殊性，对某些相同的经济业务可能有不同的表述方式，出现不同的会计结果，这是会计的灵活性和会计准则、会计制度具有弹性的正常表现。
第四，二者核算的原则不同。财务会计遵循权责发生制和配比原则，为使报表公允地反映某一会计期间企业的财务状况和经营成果，允许企业在一定情况下对收益和费用进行合理的估计，而税法则主要是遵循收付实现制原则。为了保障税收收入，便于保管，一般不允许企业估计收益和费用。
此外，税务会计坚持历史成本，不考虑货币时间价值的变动，更重视可以预见的事项，而财务会计则可以有所不同，在特定时候，财务会计可以考虑币值不稳的因素，如在物价变动情况下，企业通过会计计价方法的选择，寻求能够较为合理的反映物价变动影响的计量模式。
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