劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。《工资支付暂行规定》第十五条规定，用人单位不得克扣劳动者工资，除非符合法定的情形。列举的企业可以代扣的情形包括：用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；以及法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用，但并没有员工借款这一事项。
而随着《企业职工奖惩条例》的废止，企业对职工的罚款权也失去了合法依据，部分地区出台的地方规定中（如《广东省劳动保障监察条例》）更是对企业扣款作出了更加严格的规定，违法扣款的还将面临行政处罚。从立法本意来看，相关法律、法规和规章之所以如此规定，是为了保护劳动者享有工资报酬的权利，避免企业滥用扣款权而损害劳动者的权利。
因此，企业在曰常管理中涉及代扣或者直接扣除款项的，除非符合法定的情形，否则应征得员工的同意，且扣除后发放的工资不应低于当地最低工资标准。因此，在员工拒绝偿还借款的情况下，笔者倾向于认为用人单位不能直接从工资中进行扣款。原因除了没有明确的法律规定支持之外，还在于工资与借款分属两种不同性质的法律关系，分别受劳动法律法规和普通民事法律法规调整，两者不能直接相互抵销。
在劳动争议的司法实践当中，能否处理员工借款纠纷存在一定的争议，但存在将员工借款视为普通民事借款纠纷处理的司法实践，即一旦发生因员工借款导致的纠纷时，劳动仲裁委或法院在劳动争议案件中仅处理工资部分，要求企业补发工资；而借款部分则要求另行向法院起诉。
从管理的角度来讲，用人单位可以在规章制度规定或者在员工借款时明确，一旦员工逾期或者拒绝偿还借款的，企业可以直接从工资中进行扣除借款，从而为扣款取得合法依据。综上所述，如员工拒绝偿还用人单位的借款，除非规章制度有规定或者双方有约定，否则用人单位不能在工资中直接扣除借款，而应寻求其他途径解决。
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