巴斯德是近代微生物学的奠基人。像牛顿开辟出经典力学研究一样，巴斯德开辟了微生物 领域的研究。在他一生的研究中，先后成功地研制出鸡霍乱疫苗、狂犬病疫苗等多种疫苗，现已 被广泛应用于各种食物和饮料消毒的“巴氏杀菌法”；他还第一个提出了以微生物代谢活动为 基础的发酵本质理论;并发展了对人进行预防接种的技术。
一系列举足轻重的科学成果使巴斯 德当之无愧地成为世界医学史上最重要的杰出人物。 1865年，法国南部出现一种不知名的病疫，夺走了大量蚕的生命，这场可怕的灾难严重打 击了以农业为主要经济支柱的法国丝绸工业。巴斯德受到当时法国农业部部长的亲自接见，并 得知每年因为蚕病造成的损失已高达1亿法郎。
这使他觉得，作为一名科学家，自己有责任拯 救濒于毁灭的法国蚕业。他毫不犹豫地接受了农业部部长的委派，只身前往法国南部的蚕业灾 区阿莱。 巴斯德深人阿莱蚕业养殖基地，观察研究害病的蚕。他奇怪地发现这些蚕身上长满了棕黑 的斑点，就像沾了一身胡椒粉，为此多数人称这种病为“胡椒病”。
得病的蚕有些孵化出来不久 就死了，有些挣扎着活到第3龄、第4龄后也最终难逃一死。极少数的蚕结成茧子，可钻出来的 蚕蛾却是残缺不全的，它们的后代也都是病蚕。养蚕人已经想尽了一切办法，仍然医治不好 蚕病。 巴斯德在实验室的显微镜下发现病蚕身上附着着一种很小的、椭圆形的棕色微粒，经过多 次实验证明，就是这种微粒感染了蚕以及饲养蚕的桑叶。
为了让养蚕人相信，他让健康的蚕吃 了刷上这种致病微粒的桑叶，健康的蚕便染上了病。于是，他让人们毁掉所有被感染的蚕及污 染的桑叶，重新开始用健康的丝蚕养殖。 在防治胡椒病的过程中，巴斯德还发现蚕极容易感染的另一种疾病 肠管病。造成这种 蚕病的细菌，寄生在蚕的肠管里，它使整条蚕发黑而死，尸体像气囊一样软，很容易腐烂。
而消 灭蚕病的方法仅需要通过检查淘汰病蛾，就可遏止病害的蔓延。法国的养蚕业在巴斯德的帮助 下重新焕发生机，这使他获得了法国国主拿破仑三世的表彰和人民的热烈称颂。 巴斯德在蚕病取得巨大成功之后提出主张，认为传染病是由微生物引起的。这一观点奠定 了工业微生物学和医学微生物学的基础，就此开创了微生物生理学，他也被后人誉为“微生物学 之父”。
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