加强植物检疫首先，加强瓜类种子的进口检疫，杜绝带菌种子进入我国。对国内的瓜类种苗繁育基地进行严格的产地检疫，往年发生病害的田块严禁制种，禁止从发病区调运种苗，对调出发生区的瓜类必须经植物检疫部门检疫合格后，方可外运。选用耐病品种抗果斑病品种通常果皮颜色深（墨绿色），感病品种通常为果皮颜色浅(浅绿色)的品种。
  较耐病瓜类品种果皮多为单一深绿色。此外，三倍体西瓜较二倍体西瓜耐病。种子处理种子无菌是预防该病发生的首要措施。应自无病区采种，种苗生产过程应避免病菌污染。生产的种子则应进行种子带菌率测定。采种时种子与果汁、果肉一同发酵24~48小时后，种子随即以1%盐酸浸溃5分钟，或以1%次氯酸钙浸溃15分钟，接着水洗、风干，都可以有效去除种子携带的病菌，大幅度降低田间发病率，且该处理对种子发芽没有不良影响，种子公司可考虑采用。
  播前进行种子处理，可以有效降低种子带菌率。55°C温水浸种25分钟，捞出后清水冲洗、晾干，2天内催芽播种；或40%福尔马林150倍液浸种1小时或200毫克/千克的新植霉素或100万单位硫酸链霉素500倍液浸种2小时，冲洗干净后催芽播种。农业防治培育壮苗，适时定植，合理密植选择无病留种田，并采取严格隔离措施，以防止病原菌感染种子;苗床消毒，播种前可进行土壤消毒。
  铲除靠近商品瓜地的野生或落籽自生瓜苗，包括饲料西瓜、西瓜、甜瓜的自生苗。加强田间管理，保证田间卫生合理整枝，减少伤口；严防人、畜和机械设备从有病田块携带病菌进入无病瓜田;及时清洁田园，清除田间杂草及病残体，尤其要把病果清除带出田外烧毁或深埋。
  轮作实行与非葫芦科、茄科及十字花科蔬菜进行2年以上轮作。平整地势，改善田间灌溉系统应尽量避免喷灌，改用滴灌或降低水压，让灌溉水仅喷及根围，瓜沟要有一定深度，这样便于浇水，不至于因瓜沟太小，出现水漫瓜秧的现象。同时，要注意雨季及时排除田间积水；保护地栽培要加强放风，防止棚内湿度过高。
  尽量选择植株上露水已干及天气干燥时进行田间农事操作，减少病原菌的人为传播。药剂防治目前，防治瓜类细菌病害的有效药剂主要是铜制剂或抗生素剂。含铜制剂的氢氧化铜及抗生素剂在培养基上都可以显著抑制病菌的生长，田间新植霉素有很好的防病效果。在苗期发病初期喷雾，新植霉素和细菌清防效很好，当田间出现病害或果实膨大时或进人雨季时，可选用14%络氨铜水剂300倍液;或50%甲霜铜可湿性粉剂600倍液；50%琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液;60%琥。
  
  乙膦铝可湿性粉剂500倍液;77%氢氧化铜可湿性微粒粉剂400倍液，每667平方米用60~75千克；硫酸链霉素或72%农用链霉素可溶性粉剂4000倍液；47%加瑞农600~800倍液;40万单位的青霉素甲盐5000倍液进行喷洒。每隔7~10天防治1次，连续防治3~4次，采收前7天停止用药。