菌种退化有内在的遗传因素和外在的人为因素。 （1）内在的遗传因素：一是核基因重组。多数食用菌是双核菌丝体，在长期的双核并裂过程中，两个细胞核之间的遗传物质会发生交换，导致遗传重组，发生变异，影响品种农艺性状和商品性状的表现。二是细胞质遗传基因的变异。
食用菌的很多农艺性状，如子实体形成基因一部分位于细胞核上，还有一部分位于细胞质中遗传基因的自然突变。 （2）外在的人为因素：影响菌种质量的人为因素很多，主要是不良的环境条件和错误选择。不良环境条件，如高温可以使菌种活力受显著影响，导致细胞器解体，从而影响正常的代谢，菌种表现退化。
不良的保藏，包括培养基、温度和时间，使菌种活力大大降低，固有的诸多酶系统不能正常调动和活动起来，久而久之，导致其系统“呆滞”或“失活”，菌种出现退化。错误选择主要是在菌种生产和种源选择中，特别是种源的选择中，每次的扩大繁殖都会出现变异。只有了解菌种的特性特征，能从众多的继代培养物中选择较为理想的个体作种源，才能保证菌种不出现退化。
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